바다와 육지 그리고 과거와 현재거대한 음모에 맞선 코난과 유명한 탐정의 추리가 시작된다!사건 1 15년 전, 북대서양 해상 항해 중이던 화물선 제1 태양호 거대한 빙산과 충돌 후 침몰. 함장과 한 명의 선원 사망. 사건 2 보름 전, 인천 대재벌 태양그룹의 계열사 태양조선의 설계사 박기만 운전 중 심장마비로 낭떠러지에서 추락. 자동차는 연소되고, 박기만은 사망. 사건 3. 4 현재. 코난과 유명한 탐정 일행은 보라의 초대로 초호화 유람선 아프로디테호의 처녀 항해에 함께하게 된다. 그러나 유람선 안에서 보라는 의문의 괴한에게 공격당하고, 이는 또다른 살인 사건으로 이어진다.. 연이은 범인의 음모로 아프로디테호의 승객과 승무원들은 패닉에 빠지고, 미란에게도 최악의 위기가 닥치는데… 도대체, 범인은...
